Pourtant, la course n’a pas démarré dans les conditions les plus sereines. Le déluge s’est en effet abattu sur le circuit de Sepang une demi-heure avant le départ des MotoGP, retardant le départ de la course d’une demi-heure. Tous les pilotes se placent donc sur une grille de départ détrempée, sauf Lorenzo dont la machine n°1 n’a pas démarré pour le tour de formation. Il vient donc se placer dernier sur la grille pour le départ.

Les feux s’éteignent et Rossi réalise le meilleur départ, mais élargit dans le premier virage et se fait passer par 8 pilotes. Lorenzo réalise un super départ puisqu’il vient se placer juste devant son coéquipier. Devant, Stoner passe Pedrosa avant la fin du premier tour. Randy de Puniet est 6^e, mais il s’envole violemment au deuxième tour, heureusement sans se blesser.

Casey Stoner est parti sur un rythme infernal que personne n’est capable de suivre. Il colle 2 secondes par tour à ses poursuivants, puis 3, puis 1 régulièrement. Il poussera ainsi son avantage jusqu’à 18 secondes au 14^e tour (sur 21). Pendant ce temps, Jorge Lorenzo et Valentino Rossi remontent, passant Capirossi, Hayden et Elias. Rossi parvient à passer son coéquipier au 8^e tour avec, en ligne de mire, la 3^e place d’Andrea Dovizioso. Mais ce dernier chute au 15^e tour. Valentino Rossi assure alors une 3^e place sur le podium, avec un écart de 2 secondes sur le second, Dani Pedrosa. Casey Stoner remporte sa deuxième victoire consécutive avec 14,6 secondes d’avance et Valentino est titré.

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